Em meio a um conflito militar fictício, os soldados Marco e Tarma enfrentam o exército do General Morden para impedir seus planos de dominação global. Com ação frenética, estilo visual em pixel art e humor característico, Metal Slug se tornou um clássico dos jogos de tiro e run-and-gun.

Após os eventos do primeiro jogo, a equipe da Peregrine Falcon se junta a novos recrutas para enfrentar uma nova ameaça global liderada novamente por Morden, agora aliado a forças alienígenas. O jogo introduz novas armas, veículos e personagens, ampliando a ação e o carisma da série.